İstanbul Modern kurulduğu 2003 yılından 2018 yılına kadar Karaköy kıyısında bulunan T.C. Denizcilik İşletmeleri’ne ait olan ve kendilerine tahsis edilen eski kuru yük antreposu olarak inşa edilmiş binada faaliyetini sürdürmüştür.
2018 yılında bu kıyı bölgesinin, Galataport Projesi kapsamında devam eden bölgesel yenileme ve dönüşüm çalışmaları ile birlikte mevcutta tahsis edilen antrepo binasının yıkılması sonrası, Istanbul Modern Beyoğlu Meşrutiyet Caddesinde bulunan tarihi Union Française binasının geçici müze binası olarak restorasyonu sonrası bu yeni binaya taşınmıştır.